La chiesa originaria, in stile romanico, fu costruita nel 1155 dai Benedettini di Pomposa; nel 1253 fu poi eretto il campanile ed edificato il cimitero. I successivi rifacimenti avvennero grazie ad opere finanziate dal comune e da nobili famiglie codigoresi, tra i quali un ampliamento importante del 1535 che ne mutò completamente l’aspetto, ad eccezione del campanile (dichiarato monumento nazionale). Vi erano 7 altari di legno (il maggiore era, invece, in marmo) ad un’unica navata con capriate lignee e con coro in noce con stalli dipinti e un grande organo; era inoltre provvista di battistero e custodiva numerosi dipinti.
Le molteplici sistemazioni della chiesa, che necessitava infatti di continue manutenzioni, si protrassero nel tempo fino alla inevitabile chiusura per problemi di salvaguardia. La chiesa è oggi opera di ricostruzione degli anni Cinquanta, poiché il precedente edificio fu fatto abbattere nel 1917 e il campanile nel 1918, in seguito ad aspre polemiche.